En 1927 doce congregantes de la Sección Mayor de la Congregación de María Inmaculada y San Luis Gonzaga fundaron la Cofradía de penitentes de El Silencio de Montesión.
La Congregación de María Inmaculada y San Luis Gonzaga constituyó en su seno dos secciones: los “Luises” para los jóvenes y los “kostkas” para los adolescentes, es decir, la sección mayor y la sección menor. Y fue por consiguiente la sección mayor, la de los jóvenes, la que fundó una Cofradía de penitentes.
Desde un primer momento el simbolismo estuvo presente en la idea fundacional: doce penitentes como los doce apóstoles, acompañaban la imagen del Cristo de la Sangre por las calles de Palma, bajo la prohibición absoluta de hablar y vistiendo un luto riguroso, como lo atestigua una vesta de raso con faja y puños de terciopelo, con capa de largo arrastre, capirote también negro, con el escudo en el pecho.
Fueron cofrades fundadores Gabriel Cortés Cortés, Antonio Villalonga Villalonga, Manuel Andreu Fontirroig, Antonio Sabater Mut, Gaspar Reynés Quintana, Juan Moncada Cánaves de Mossa, Honorato Sureda Hernández, Francisco de Oleza Frates, Alejandro Cortés Cortés, Miguel Deyá Palerm y Domingo Fons Castillón.
El director de la Cofradía fue el P. Joaquín Vericat Stelle, SJ y tuvo su sede en la propia de la Congregación Mariana de calle Zavellá número 19 de Palma, si bien las celebraciones litúrgicas se practicaron desde un primer momento en la Iglesia de Montesión.
La cofradía desfiló por vez primera en las procesiones de 1928 con veintisiete cofrades. El miércoles 4 de abril de ese mismo año a las siete de la tarde se bendijo el pendón por parte del P. Darío Hernández, Superior de Montesión, que fue asistido por el director de la Congregación, el P. Vericat. El estandarte fue confeccionado sobre terciopelo negro con el escudo de la Cofradía en el anverso. El reverso era de raso también negro. Acaba en ángulo y está circundado de fleco y borlas de oro. Descansa sobre barra y travesaño de madera y metal dorados. El estandarte fue elaborado por María Magdalena Simó y Coll, madre y hermana de los que serían congregantes Juan Sabater y Miguel Simó, siendo además el primero jesuita, director de la Congregación y consiliario de la Cofradía. Una hija de la Sra. Simó, Margarita Sabater Simó, grabó al óleo el escudo. Apadrinaron el pendón Dña. Vicenta Campos de Pascual y el alcalde de Palma D. Juan Aguiló Valentí.
La Cofradía de la Congregación de María Inmaculada y San Luis desfiló por vez primera el 5 de abril de 1928, Jueves Santo, fecha en que se estrenaron igualmente las cofradías de la Esperanza de la Paz y del Patronato Obrero. Presidieron El Silencio el P. Vericat, director de la Congregación y el P. Pedro Bonnín.
En los años iniciales se planteó la construcción del paso de la Piedad, si bien la Guerra Civil truncó este proyecto sin que se volviera a recuperar.
En abril de 1946 la Asamblea General de la Cofradía acordó solicitar al arquitecto José Ferragut Pou que presentara unos diseños para la confección de dos faroles artísticos, que se estrenaron en las procesiones del año siguiente.
Asimismo, el Consejo Rector de la Cofradía acordó en 1950 la construcción de una Cruz de Penitencia, que encargó al carpintero Sr. Mut, aunque en otras fuentes se atribuye la Cruz al Sr. Pastor. Esta Cruz era portada por turnos por todos los Cofrades durante la procesión.
En esa misma fecha se encargó la fabricación de dos faroles dorados con el anagrama de las Congregaciones Marianas, al escultor Juan Serra. El Jueves Santo de ese mismo año fueron estrenados ambos ornamentos.
La Cofradía hizo uso de un velón o hachón mallorquín de cera blanca con sección de trébol de cuatro hojas.
En 1993 el Silencio comenzó a desfilar una imagen de Jesucristo Crucificado portado por cuatro cofrades, los dos de delante con cuerdas y los de atrás con el travesaño sobre los hombros. En ese mismo año se decidió incorporar un tamborino mallorquín que marcara el paso de los portadores de la imagen.
Desde su fundación la Cofradía de penitentes tuvo su sede en la propia de la Congregación Mariana, que se encontraba en la calle Zavellá, 19 de Palma. Posteriormente la Congregación se trasladó a su domicilio actual de la calle Apuntadores, de manera que la Cofradía mudó su sede con ella.
En 1987, a iniciativa del P. Vicente Almiñana, SJ, a la sazón director de la Congregación, la Cofradía se separó de la Congregación para trasladar su sede a la Iglesia de Montesión, de la calle Montesión, 24 de Palma.
Como consecuencia de la longitud de la capa, la Cofradía de El Silencio fue de las primeras de Palma en contar con monaguillos que acompañaban a los cofrades y les sacudían la capa cada vez que recogía polvo del suelo.